Non è appurato con certezza scientifica quali siano le cause della Fobia Sociale. L'ipotesi più diffusa è quella che vede una pluralità di cause concorrere all'insorgere e alla cronicizzazione di questa patologia.
Si parla di fattori sociali, familiari e di fattori genetici.

Fattori Genetici
Dal punto di vista genetico, sembra che i soggetti affetti da Fobia Sociale ereditino nel proprio patrimonio genetico un'iperreattività delle zone del cervello deputate a regolare le strategie di difesa dell'organismo e che vengono attivate durante le minacce improvvise alla sopravvivenza. Queste “strategie di difesa” utili di fronte a pericoli concreti si traducono nei sintomi psicosomatici tipici della fobia. Ad esempio un aumento del battito cardiaco che in natura è funzionale al fornire più sangue agli arti inferiori per sfuggire meglio ai predatori si trasforma in un disagio difficile da gestire in un contesto sociale.
Ricerche statunitensi individuano questi centri critici nella corteccia mediale prefrontale e nell'amigdala.
Viceversa, studi su gemelli omozigoti separati alla nascita dimostrano che i tratti genetici non sono determinanti in assoluto. Vale a dire che soggetti con un identico patrimonio genetico hanno sviluppato la patologia a livelli differenti o non l'hanno sviluppata affatto. Ciò nonostante è statisticamente dimostrata una maggiore frequenza nello sviluppo della Fobia Sociale tra consanguinei di primo grado.

Fattori familiari
L'influenza dell'ambiente familiare sullo sviluppo della Fobia Sociale non è altrettanto chiaro. Il vissuto personale dei soggetti affetti dalla patologia può essere anche molto diverso l'uno dall'altro.
Si riscontrano infatti casi di rifiuto, di persecuzione o al contrario di iperprotettività da parte dei genitori. Quello che queste storie sembrano avere in comune è l'influenza negativa sull'autostima e sulla percezione di sé.

Fattori sociali
L'ambiente sociale incide a seconda dei modelli culturali e dei comportamenti socialmente accettati. In una data società certi comportamenti potrebbero essere tollerati o addirittura richiesti mentre in un'altra portare all'emarginazione.
Quindi si tratta sempre di un fattore relativo, ma indubbiamente determinante.
Esperienze sociali traumatiche quali rifiuto, derisione, prepotenza, umiliazione e bullismo in genere possono rivestire il ruolo di conferme alle proprie paure e quindi determinare l'insorgere, l'aggravamento o la cronicizzazione della fobia.

Poiché parliamo di una fobia, quindi di una paura irrazionale, è ovvio che entrano in gioco anche fattori cognitivi, cioè distorsioni nell'elaborazione e nella raccolta delle informazioni che tendono a focalizzare l'attenzione sui potenziali segnali di minaccia.
A seconda delle scuole di pensiero si tende a ricercare le origini dell'alterazione cognitiva nei pattern (modelli) neuronali, mentali o sociali.